大友氏系の領主は同紋衆と呼ばれ優遇されたが、大神系の国人領主は他紋衆と呼ばれ冷遇された。大友系の中でも主家に対抗する勢力もあり、国人領主の反抗と相まって大友氏にとっては最後までこれが宿痾となった。

中でも佐伯氏は唯一、大神系一族として最後まで大友氏の血を入れることは無かった。

主家大友氏への同紋、他紋による反抗（謀反）は実に多い。佐伯氏は三度も叛旗を翻しているが覆滅されることはなかった。むしろ大友氏の重鎮として領国経営を支える時期が長かった。佐伯氏は大友系の主要氏族・田原氏や肥後の菊池氏等と気脈を通じ主家を討つ機会を窺っていたことは事実である。

まさに中国の守護大内氏におけるこれを討った国人毛利氏のような存在であったろう。

大友氏にとって同族の田原氏の絶えることのない反抗は頭痛の種であった。田原氏にとって主家と同等の血筋と実力を有するその誇りがそうさせた。

佐伯氏はこれと気脈を通じ連携行動を起こしている。

加え、外部勢力としての大内氏、菊池氏がそれぞれ両家を利用しようとしたことも内紛を複雑にした。

佐伯氏の政略結婚もたいしたものである。有力氏族に娘を正室として嫁がせている。

ただ大友氏を倒し、大内氏の毛利氏のように豊後の支配権を得るには至らなかった。

佐伯氏は１０代惟治の時代に堅田地方から拠点を古市周辺に移し栂牟礼城を築城した。堅田地方は当時は入り江が深く入り込んで大船の侵入が容易であった。

大内氏の水軍が攻め込んで来たことに見られる防衛上の弱点が移転の動機であったともいわれる。